二、缺少真正意义上的“问题”生成
古人云：“学起于思，思源于疑”， 没有疑问的思维不是真正的思维，不经思维的学习是无效学习。尽管烟台市倡导“和谐高效、思维对话”型的课堂教学，但还有一些教师在课堂教学中由于受传统教学思想的影响，让师“问”生“答”主宰了课堂，学生在课堂上没有“问题”的生成，具体原因主要表现在以下两方面。
首先是学生“不好意思”生成问题。在生物课堂中，学生即使有问题生成，也唯恐提出的问题太简单引发同学的讥笑或是问题与课堂内容联系不大而被老师批评等等。如在《生物进化的原因》一节中，课前教师安排了一个游戏：四组学生分别在红、白、蓝、绿色的背景中捡拾等量的四种不同颜色的纸片，捡到最后剩余25片时，统计各种颜色的纸片数量，四个组进行比较，完成后学生自然会生成问题：为何剩余的纸片中与背景相同的颜色数量较多？然而让教师尴尬的是，当问学生有什么疑问时，学生却彼此对视，然后摇了摇头。怎么会没有问题生成呢？老师们真可谓“千呼万唤”，可是，学生们仍然是“一动不动”，教师最后无计可施了，只能自己将问题说了出来，导入这节课。事后教师问了几个学生，他们却说“这样的问题似乎太简单了，如果别人都能解释而自己却不会，就有些不好意思了。”正是由于这种潜意识的存在，学生在课堂上问题的生成受到很大的阻碍。“学起于思，思源于疑”教师要在课堂上多设计不同层次的思维对话，与学生进行交流，锻炼学生的思维，鼓励学生大胆地质疑问题。
其次是学生“没有机会”生成问题。由于教师在生物课堂教学中特别注重学生“答”的训练，而忽视学生“问”的指导与培养，从而导致学生在课堂中越学越不屑问、不会问、不善问。正如有些专家所说 “去问题”式的教育，学生带着问题走进教室，没有问题走出教室，甚至根本不带问题进教室，这种状况对于建立“和谐高效，思维对话”型的课堂是极其不利的。若把充足的课堂时间和空间还给学生，给学生的思维放飞提供一个平台，加上教师的循循善诱，日积月累，还愁没有思维的碰撞吗？还愁提高科学探究的有效性吗？
三、不知道为什么而探究
杜威的观点是，探究式教学要使学生的学习基于他们自己的亲身经验并发展他们好奇求知的天性。新课程理念也倡导探究性学习，但有些教师只关注探究的形式，不按照学生的思维发展组织教学，学生缺少探究的动机，也不可能深入地去探究，使教学环节中花架子太多，表面上体现了新课程的理念，但教学的有效性较低，有的甚至不能在规定时间内完成教学任务。进行科学探究中“合作学习”是发挥学生主体作用的一种有效方法，也是当前引导学生主动学习交流的重要途径，在“和谐高效、思维对话”型课堂的构建中，教师应该有意识地把这种形式引入课堂。仔细观察会发现，在部分教师的课堂上，小组合作探究只是一种形式，缺乏有效性的探究。课堂上有的教师给出的讨论题目带有很大的随意性，想在哪儿讨论就在哪儿讨论，有时讨论的时间也没有保证，有时学生还没进入讨论状态，小组探究学习在教师的要求下就结束了。就学生而言，讨论中不能围绕中心问题进行有效地学习，没有思维撞击的火花；或小组中只由学习成绩好的学生发言，没有学生间的互动；学生间彼此不友好或合作程度不够，不注重倾听对方意见，基本停留在个体独立学习的层次之上等，这样的合作学习并不是实质意义上的有效探究学习。