张虎军说，许多研究人员仍然认为，对于像咖啡这样的东西，得出确切结论的唯一方法是通过实验性的研究。所谓实验性研究是指，在其他变量被严格控制的情况下，给一部分研究对象一定量的咖啡，其他研究对象则得到一些无效对照剂。而美国杜克大学医学中心的心理生理学家吉姆·雷因表示，这样的实验结果显示，“实验性研究和观察性研究对于咖啡因是否有益健康的结论截然不同。”雷因对咖啡因效用研究已经超过了25年。
——— 咖啡是否致癌 ———
研究没有确切结论
有关咖啡致癌的研究报道，很好地印证了雷因的看法。在这些被报道的研究报告中，最常被用到的词汇是“怀疑”“发现踪迹”“推测”等不确定表达。
早在2002年底就有报道称，德国研究人员在咖啡中发现了一种被某些癌症专家疑为能够引发癌症的物质的踪迹。
德国生态学杂志《Oeko-Test》的研究人员发现，他们检测的所有24种品牌的研磨咖啡（ground coffee）和7个品牌的浓咖啡中都含有致癌物质——丙稀酰胺。检测结果发现，丙稀酰胺也存在于煮熟的咖啡中——尽管含量比研磨咖啡豆中的少得多。
美国癌症协会根据统计数字认为，绝大多数研究的结果都表明，缺乏结论性的证据可以证明咖啡一定与膀胱癌、肺癌、乳腺癌、前列腺癌或其他任何癌症有关。
美国科学家通过调查发现，吸烟者若每日饮3杯或更多的咖啡，能使他们患胰腺癌的可能性增加4倍。咖啡因对正常细胞有不良的影响，它可促使细胞老化，美国学者经过流行病学调查和研究，确认咖啡是一种有潜在危险的饮料，认为咖啡因对胰腺癌的形成有不可忽视的影响，常饮咖啡的人比不饮咖啡的人患胰腺癌的可能性大2—3倍，目前，美国每年大约有2万人死于胰腺癌，其中至少有半数以上是由于饮用咖啡而引起的。美国哈佛大学的研究人员则发现，饮咖啡的人较易得膀胱癌，尤其是对女性危害更大。
日本的科研报告也称，男性胃癌的一些患者中，不少人喜欢饮用咖啡。
更让公众莫衷一是的是，对咖啡与健康、疾病关系的研究，同在2009年里，世界各国的科学家得出了完全相反的结论。2009年，加拿大研究人员表示，发现咖啡因对那些胰岛素本来就不够的人有不良影响。研究人员发现，咖啡因对潜在的2型糖尿病患者有不良影响，可能引发2型糖尿病。2型糖尿病是加拿大最普遍的糖尿病，占所有糖尿病患者的90%。
张虎军指出，咖啡是一种非常复杂的食品，咖啡中含有成百上千种的物质，包括钾、镁和维他命E以及据信含有抗氧化成份的绿原酸等等，仅对一种化合物进行研究不太可能确定它对健康究竟有何影响。
大连市中心医院的主任医师、营养师王兴国也表示，喝咖啡的长期作用（即长期经常喝咖啡）比较复杂，需要通过科学研究才能确认。“可惜的是，虽然针对咖啡的研究非常多，但往往难以得出一致的结论。对很多问题，我们还只能做出大致判断。”王兴国说。