例如：《植物的呼吸》一节课，可以通过“联想”提出关于植物呼吸作用的假设。围绕核心——探究植物的呼吸，想起其它事物——人的呼吸，然后运用“异中求同”提出假设：“异”是指不同的对象，即人和植物；“同”是指可能存在同样的本质，即植物呼吸时可能也吸入氧气，呼出二氧化碳。
2.2 引导学生通过“类比推理”进行假设
类比推理是对两个或两类事物加以比较后的推理方法。
下面以北京版教材《植物体内物质的运输》为例，我对教材进行了处理，增强了“探究性实验”的可操作性，通过“类比推理”进行假设的具体过程如下：
第一， 找出两个或两类相类似的事物：植物的根能吸收并运输水和无机盐，茎也能运输水和无机盐。
第二，找出其中一个的特点：植物根通过“导管”运输水和无机盐。
第三，提出另一个的相关假设：植物的茎也可能是通过“导管”运输水和无机盐。
类比推理是以“比较”为基础，推理出的结论不一定正确，还需要用实验进一步证实。但它对思维有一种独有的启发作用，为学生进行创造性思维开辟了广阔的天地。许多重大的科学发现和创造发明是受类比推理的启发获得的。
2.3 引导学生通过“逆向思维”进行假设
逆向思维就是颠倒因果关系的一种思维方法。通过逆向思维常常可以发现新的问题，提出新的假设。我们日常生活、学习以及对生物奥秘的探索活动中，常遇到需要逆向思维的实例，这些也是培养逆向思维的好机会。
例如：还是在上面《光合作用产生氧气》的实验中，实验的结果是：在阳光下的一组，能使带火星的木条复燃；而在黑暗处的一组就不能复燃，甚至使燃着的木条熄灭。
植物体在黑暗环境下，放出的气体不是氧气而是二氧化碳，这说明植物的光合作用可能有逆反应（开始逆向思维）。在教师的引导下，学生可以通过逆向思维得出上面的假设而培养创新思维能力。
进行假设是“探究性实验”的主要环节之一，学生理解了联想、类比推理、逆向思维这几种思维方法以后，如何让他们运用、掌握这些思维方法合理地进行假设，还需要教师在今后的实验中反复强化、及时引导、不断升华，才能切实地使学生掌握这些思维方法合理地进行假设。
3.如何引导学生设计实验。
对所提出的问题进行假设后，就要设计实验加以证明。这既是“探索性实验”的重要环节，又是培养学生创新精神和实践能力的关键。
设计实验包括“确定实验方法”和“设计实验方案”。“确定实验方法”要根据所要探索的内容来确定不同的方法，特别是要鼓励学生运用多种方法解决同一问题。
例如：《植物体内物质的运输》一课，已经提出假设：植物的茎也可能是通过“导管”运输水和无机盐。要设计实验证明，可以把假设分解，先探究植物茎内有没有“导管”及其相应的位置，再探究运输水和无机盐的结构是不是“导管”。第一步，探究植物茎内有没有“导管”，可以引导学生根据植物根尖纵切“导管”的特征，通过做茎的纵切和横切进行观察，看看有没有与根内“导管”相似的结构，如果有，在什么部位……第二步，探究运输水和无机盐的结构是不是“导管”，引导学生“观察红墨水在茎中的运输”，可以从宏观和微观两方面观察染红的部位。
《植物体内物质的运输》一课，为了增强实验的探究性，还可以先让学生观察“瓶插花” 通过现象让学生提出问题：植物体运输水和无机盐的部位在哪儿？然后根据结构和功能相适应的原理，由学生推理出要探究植物茎运输水和无机盐的部位，就先要认识茎的结构（宏观上分树皮、木质部和髓）。再运用“排除法”设计实验，通过分析结果得出结论：植物茎运输水和无机盐的部位在木质部，最后从微观上观察茎的切片得出茎运输水和无机盐的结构就是“导管”。
引导学生设计实验，应该鼓励学生合作交流，即组内互助、互学，组间互议、互评。指导每位学生积极承担共同完成任务的责任，期望所有的学生之间进行有效的沟通与交流，体现师生、生生之间的交往、互动和共同发展的过程。
叶圣陶先生曾说，教是为了不教。“探究性实验”正是要求教师成为学生学习的引路人：导思、授法、总结、升华，培养学生探究能力和自主创新能力，进而达到学会学习的目的。